La gestion intégrée dans l’archipel madelinot a débuté en 1999 avec le projet « Comprendre le passé pour mieux gérer l’avenir* ». Ce projet, par l’entremise de consultations publiques, a permis de concevoir une étude biophysique, de présenter à la population des Îles-de-la-Madeleine un portrait cartographique actuel et réel de la présence des différentes activités se déroulant dans les cinq plans d’eau intérieurs de l’archipel. Le vif intérêt manifesté par la population à participer à la démarche de gestion intégrée a mené à la formation de cinq Comités de gestion intégrée des plans d’eau intérieurs. Chacun des comités d’usagers bénévoles étant représentatifs des usages (chasse et pêche sportives, pêche et mariculture, activités nautiques, propriétaires fonciers, représentant municipal, etc.), menés au sein de chacun des principaux plans d’eau de l’archipel, dont  le bassin aux Huîtres, la lagune de la Grande Entrée, la lagune du Havre aux Maisons et la baie du Cap Vert, la baie du Havre aux Basques et la baie du Bassin. Depuis l’avènement de la GISL aux îles, ces 5 comités ont opté pour poursuivre leurs activités en complémentarité avec la TCR des îles. Par mesure d’efficience, les 5 comités ont été  refondus à 3 comités, que sont désormais la lagune de la Grande Entrée et le bassin aux Huîtres, la lagune du Havre aux Maisons et la baie du Cap Vert, les baies du Havre aux Basques et du Bassin.

Le concept de la gestion intégrée du Saint-Laurent (GISL) est arrivé plus tard aux Îles, suite au constat de quelques particularités uniques à l’archipel :

• • Les Îles appartiennent à la même région administrative que la Gaspésie, sans pour autant partager les mêmes réalités, préoccupations et priorités socio-économiques ou environnementales que celle-ci ;

• Aucun organisme de bassin versant (OBV) n’est présent sur le territoire madelinot, en raison de l’exiguïté du territoire et des affluents.

De par son mode de fonctionnement et ses expertises, en février 2014, le Comité ZIP a été désigné par le MDDELCC comme organisme mandataire d’orchestrer le déploiement de la GISL pour le secteur des Îles et pour procéder à création d’une Table de concertation régionale (TCR) pour le territoire.